Hướng dẫn how do i import biopython into python? - làm cách nào để nhập biopython vào python?

OB Tiêu đề: Bắt đầu permalink: wiki/get_started bố cục: Wiki -

Tải xuống và cài đặt

Đối với Windows, chúng tôi cung cấp trình cài đặt nhấp chuột. Hầu hết các bản phân phối Linux sẽ bao gồm gói Biopython tùy chọn (mặc dù điều này có thể đã hết hạn). Nếu không, bạn thường tải xuống và giải nén kho lưu trữ và cài đặt từ nguồn. Xem trang Tải xuống của chúng tôi để biết chi tiết bao gồm các điều kiện tiên quyết.

Bạn có thể kiểm tra cài đặt của mình đã hoạt động tại dấu nhắc Python:

>>> import Bio

Nếu điều đó không gây ra lỗi, bạn nên được thực hiện. Nếu bạn nhận được một cái gì đó giống như bộ nhập khẩu: Không có mô -đun nào có tên Bio, thì có gì đó không ổn. Lưu ý trường hợp là quan trọng.

Hướng dẫn

Hướng dẫn và sách dạy nấu ăn Biopython (HTML, PDF) chứa phần lớn tài liệu của chúng tôi. Xem tài liệu để biết thêm liên kết.

Ví dụ nhanh

Hãy thử thực hiện điều này trong Python:

from Bio.Seq import Seq

# create a sequence object
my_seq = Seq("CATGTAGACTAG")

# print out some details about it
print("seq %s is %i bases long" % (my_seq, len(my_seq)))
print("reverse complement is %s" % my_seq.reverse_complement())
print("protein translation is %s" % my_seq.translate())

Bạn sẽ nhận được đầu ra sau:

seq CATGTAGACTAG is 12 bases long
reverse complement is CTAGTCTACATG
protein translation is HVD*

Đây là một minh chứng rất nhanh về đối tượng Biopython từ SEQ (trình tự) và một số phương pháp của nó.

Đọc và ghi các tệp trình tự

Sử dụng mô -đun SEQIO để đọc hoặc viết chuỗi làm đối tượng SeqRecord. Đối với nhiều tệp căn chỉnh chuỗi, bạn có thể sử dụng mô -đun Alignio.

Người mới bắt đầu

• Tìm hiểu cách lập trình trong Python
  • Một byte của Python
  • Lặn vào Python
  • Python tham khảo nhanh
• Duyệt hướng dẫn Biopython
• Đọc bài báo này Bassi2007 PMID = 18052533
• Kiểm tra sơ đồ lớp nếu bạn muốn biết thêm về các mối quan hệ giữa các mô -đun.

đọc thêm

• Sử dụng các công cụ tìm kiếm wiki để tìm thêm thông tin về các chủ đề cụ thể.

Chỉnh sửa trang này trên github

Theo trang tải xuống của chúng tôi, chúng tôi thường khuyên bạn nên sử dụng Trình quản lý gói Python,

from Bio.Seq import Seq

# create a sequence object
my_seq = Seq("CATGTAGACTAG")

# print out some details about it
print("seq %s is %i bases long" % (my_seq, len(my_seq)))
print("reverse complement is %s" % my_seq.reverse_complement())
print("protein translation is %s" % my_seq.translate())

Tuy nhiên, đây không phải là lựa chọn duy nhất và một hệ thống bao bì riêng biệt có thể phù hợp hơn với hệ thống của bạn.

Conda

Nếu Python của bạn được cài đặt bằng Conda, ví dụ: sử dụng Miniconda hoặc Anaconda, thì bạn sẽ có thể sử dụng Biopython từ các gói Conda:

conda install -c conda-forge biopython

or:

conda update -c conda-forge biopython

Chúng tôi cố tình khuyên bạn nên sử dụng Biopython từ kênh Conda-Forge, vì điều này thường được cập nhật và bao gồm Windows, Mac OS X và Linux. Kênh Conda mặc định có Biopython, nhưng thường không còn lỗi.

Lưu ý Conda có sẵn trên Windows, Mac OS X và Linux, và bao gồm nhiều hơn là chỉ Python.

Gói Linux

Mặc dù chúng tôi thường giới thiệu

from Bio.Seq import Seq

# create a sequence object
my_seq = Seq("CATGTAGACTAG")

# print out some details about it
print("seq %s is %i bases long" % (my_seq, len(my_seq)))
print("reverse complement is %s" % my_seq.reverse_complement())
print("protein translation is %s" % my_seq.translate())

Ubuntu hoặc debian

Bạn sẽ có thể cài đặt Biopython và các phụ thuộc của nó bằng công cụ GUI synap (trên menu chính trong Trình quản lý gói hệ thống / quản trị / synap) hoặc tại dòng lệnh bằng cách sử dụng:

sudo apt-get install python-biopython

Nếu bạn muốn tài liệu và bài kiểm tra đơn vị,

sudo apt-get install python-biopython-doc

Và nếu bạn muốn sử dụng biosql,

sudo apt-get install python-biopython-sql

Tuy nhiên, đây có lẽ sẽ không phải là bản phát hành mới nhất (xem danh sách Ubuntu tại đây và Debian List ở đây). Nếu bạn muốn phiên bản mới nhất của Biopython, bạn sẽ cần cài đặt nó từ nguồn. Tuy nhiên, bạn sẽ có thể tự động cài đặt các phụ thuộc xây dựng với lệnh sau:

sudo apt-get build-dep python-biopython

Archlinux

Biopython nằm trong kho lưu trữ Archlinux chính thức là Python-Biopython (cho Python 3) hoặc Python2-Biopython (đối với Python 2) và có thể được cài đặt bằng Pacman:

pacman -S python2-biopython

Hoặc, cho Python 3:

from Bio.Seq import Seq

# create a sequence object
my_seq = Seq("CATGTAGACTAG")

# print out some details about it
print("seq %s is %i bases long" % (my_seq, len(my_seq)))
print("reverse complement is %s" % my_seq.reverse_complement())
print("protein translation is %s" % my_seq.translate())

Fedora

Biopython là một gói Fedora chính thức (kể từ Fedora 5). Gói được đặt tên là Python-Biopython cho Python 2 hoặc Python3-Biopython cho Python 3 và có thể được cài đặt bằng cách sử dụng Yum làm gốc:

from Bio.Seq import Seq

# create a sequence object
my_seq = Seq("CATGTAGACTAG")

# print out some details about it
print("seq %s is %i bases long" % (my_seq, len(my_seq)))
print("reverse complement is %s" % my_seq.reverse_complement())
print("protein translation is %s" % my_seq.translate())

hoặc

from Bio.Seq import Seq

# create a sequence object
my_seq = Seq("CATGTAGACTAG")

# print out some details about it
print("seq %s is %i bases long" % (my_seq, len(my_seq)))
print("reverse complement is %s" % my_seq.reverse_complement())
print("protein translation is %s" % my_seq.translate())

hoặc thông qua một trong các hệ thống quản lý gói GUI như Pirut và Packkit (có sẵn trong F-9 trở lên).

Gentoo Linux

Cây Portage Gentoo có chứa một ebuild (khoa học viễn tưởng/biopython) được xây dựng từ nguồn. Để cài đặt nó, hãy mở một thiết bị đầu cuối làm gốc và chạy:

Dưới đây là một liên kết đến Biopython tại Gentoo cho thấy các phiên bản mới nhất trong Cây Portage Gentoo.

Các hệ thống giống như UNIX khác

FreeBSD và cổng

Cách dễ dàng nhất để cài đặt Biopython trong FreeBSD là thông qua Bộ sưu tập Cổng. Nếu bạn mới sử dụng quy trình này, vui lòng xem tài liệu này. Giả sử rằng bạn đã quen thuộc với phương pháp này và bạn có một cây cổng cập nhật, tất cả những gì bạn cần làm là thực thi các lệnh sau làm gốc:

from Bio.Seq import Seq

# create a sequence object
my_seq = Seq("CATGTAGACTAG")

# print out some details about it
print("seq %s is %i bases long" % (my_seq, len(my_seq)))
print("reverse complement is %s" % my_seq.reverse_complement())
print("protein translation is %s" % my_seq.translate())

Điều này sẽ tự động tìm nạp và cài đặt Biopython (cũng như các phụ thuộc cần thiết của nó).

Làm cách nào để cài đặt mô -đun sinh học trong Python?

Làm thế nào để bạn mở Biopython?

Làm thế nào để bạn chạy Anaconda Biopython?

Biopython có phải là một mô -đun không?