Hướng dẫn how do i know if biopython is installed? - làm cách nào để biết nếu biopython được cài đặt?

OB Tiêu đề: Bắt đầu permalink: wiki/get_started bố cục: Wiki -

Tải xuống và cài đặt

Đối với Windows, chúng tôi cung cấp trình cài đặt nhấp chuột. Hầu hết các bản phân phối Linux sẽ bao gồm gói Biopython tùy chọn (mặc dù điều này có thể đã hết hạn). Nếu không, bạn thường tải xuống và giải nén kho lưu trữ và cài đặt từ nguồn. Xem trang Tải xuống của chúng tôi để biết chi tiết bao gồm các điều kiện tiên quyết.

Bạn có thể kiểm tra cài đặt của mình đã hoạt động tại dấu nhắc Python:

>>> import Bio

Nếu điều đó không gây ra lỗi, bạn nên được thực hiện. Nếu bạn nhận được một cái gì đó giống như bộ nhập khẩu: Không có mô -đun nào có tên Bio, thì có gì đó không ổn. Lưu ý trường hợp là quan trọng.

Hướng dẫn

Hướng dẫn và sách dạy nấu ăn Biopython (HTML, PDF) chứa phần lớn tài liệu của chúng tôi. Xem tài liệu để biết thêm liên kết.

Ví dụ nhanh

Hãy thử thực hiện điều này trong Python:

from Bio.Seq import Seq

# create a sequence object
my_seq = Seq("CATGTAGACTAG")

# print out some details about it
print("seq %s is %i bases long" % (my_seq, len(my_seq)))
print("reverse complement is %s" % my_seq.reverse_complement())
print("protein translation is %s" % my_seq.translate())

Bạn sẽ nhận được đầu ra sau:

seq CATGTAGACTAG is 12 bases long
reverse complement is CTAGTCTACATG
protein translation is HVD*

Đây là một minh chứng rất nhanh về đối tượng Biopython từ SEQ (trình tự) và một số phương pháp của nó.

Đọc và ghi các tệp trình tự

Sử dụng mô -đun SEQIO để đọc hoặc viết chuỗi làm đối tượng SeqRecord. Đối với nhiều tệp căn chỉnh chuỗi, bạn có thể sử dụng mô -đun Alignio.

Người mới bắt đầu

• Tìm hiểu cách lập trình trong Python
  • Một byte của Python
  • Lặn vào Python
  • Python tham khảo nhanh
• Duyệt hướng dẫn Biopython
• Đọc bài báo này Bassi2007 PMID = 18052533
• Kiểm tra sơ đồ lớp nếu bạn muốn biết thêm về các mối quan hệ giữa các mô -đun.

đọc thêm

• Sử dụng các công cụ tìm kiếm wiki để tìm thêm thông tin về các chủ đề cụ thể.

Phần này giải thích cách cài đặt Biopython trên máy của bạn. Nó rất dễ cài đặt và nó sẽ không mất hơn năm phút.

Bước 1 - Cài đặt Python xác minh − Verifying Python Installation

Biopython được thiết kế để hoạt động với các phiên bản Python 2,5 trở lên. Vì vậy, bắt buộc Python phải được cài đặt đầu tiên. Chạy lệnh bên dưới trong dấu nhắc lệnh của bạn -

> python --version

Nó được định nghĩa dưới đây -

Nó hiển thị phiên bản của Python, nếu được cài đặt đúng. Nếu không, hãy tải xuống phiên bản mới nhất của Python, cài đặt nó và sau đó chạy lại lệnh.

Bước 2 - Cài đặt Biopython bằng PIP − Installing Biopython using pip

Thật dễ dàng để cài đặt Biopython bằng PIP từ dòng lệnh trên tất cả các nền tảng. Nhập lệnh bên dưới -

> pip install biopython

Phản hồi sau sẽ được nhìn thấy trên màn hình của bạn -

Để cập nhật một phiên bản cũ của Biopython -

> pip install biopython –-upgrade

Phản hồi sau sẽ được nhìn thấy trên màn hình của bạn -

Để cập nhật một phiên bản cũ của Biopython -

Sau khi thực hiện lệnh này, các phiên bản cũ hơn của Biopython và Numpy (Biopython phụ thuộc vào nó) sẽ bị xóa trước khi cài đặt các phiên bản gần đây. − Verifying Biopython Installation

Bước 3 - Cài đặt Biopython xác minh

Bây giờ, bạn đã cài đặt thành công Biopython trên máy của bạn. Để xác minh rằng Biopython được cài đặt đúng cách, hãy nhập lệnh bên dưới trên bảng điều khiển Python của bạn -

Nó cho thấy phiên bản Biopython.

Cách thay thế - Cài đặt Biopython sử dụng nguồn

Để cài đặt Biopython bằng mã nguồn, hãy làm theo các hướng dẫn dưới đây -

Tải xuống bản phát hành Biopython gần đây từ liên kết sau - https://biopython.org/wiki/doad tải xuốngbiopython-1.72.

Đến bây giờ, phiên bản mới nhất là Biopython-1.72.

> python setup.py build

Tải xuống tệp và giải nén tệp lưu trữ được nén, di chuyển vào thư mục mã nguồn và nhập lệnh bên dưới -

Điều này sẽ xây dựng Biopython từ mã nguồn như được đưa ra dưới đây -

> python setup.py test

Bây giờ, hãy kiểm tra mã bằng lệnh dưới đây -

> python setup.py install

Biopython có phải là một mô -đun không?

Tại sao Biopython được sử dụng?

Biopython có phải là nguồn mở không?