Hướng dẫn multiple sequence alignment python code - mã python căn chỉnh nhiều trình tự
Trang này mô tả Show Ngoài tài liệu API tích hợp, còn có cả một chương trong hướng dẫn về Bio.alignio, và mặc dù có một số sự chồng chéo, nó cũng đáng đọc ngoài trang này. Ngoài ra còn có tài liệu API (mà bạn có thể đọc trực tuyến hoặc từ bên trong Python với lệnh Mục tiêuBạn có thể đã quen thuộc với mô -đun Bio.Seqio liên quan đến các tệp chứa một hoặc nhiều chuỗi được biểu thị dưới dạng các đối tượng SeqRecord. Mục đích của mô -đun Tương tự, 1 và cùng tên cho các định dạng tệp được hỗ trợ.Lưu ý rằng việc bao gồm 4 sẽ đọc các sắp xếp từ các tệp nexus - nhưng 5 cho phép kiểm soát nhiều hơn và sử dụng cây.Tầm nhìn của tôi là để đọc hoặc viết sự sắp xếp trình tự, bạn nên thử Peter Định dạng tệpBảng này liệt kê các định dạng tệp mà Bio.alignio có thể đọc và viết, với phiên bản Biopython nơi điều này được hỗ trợ lần đầu tiên. Tên định dạng là một chuỗi chữ thường đơn giản, khớp các tên được sử dụng trong Bio.Seqio. Nếu có thể, chúng tôi sử dụng cùng tên với BioPerl xông Seqio và Têm chiều.
Định dạng tệp GCG MSF. NexusCòn được gọi là định dạng paup. Sử dụng Bio.nexus nội bộ. Chỉ có một căn chỉnh cho mỗi tệp được hỗ trợ. Phylip Đây là một cách giải thích nghiêm ngặt về định dạng phylip xen kẽ cắt tên ở 10 ký tự.
Bạn sẽ nhận thấy rằng có rất nhiều thông tin chú thích ở đây, bao gồm các số gia nhập cho mỗi chuỗi và một số tài liệu tham khảo chéo cơ sở dữ liệu PDB và thông tin cấu trúc thứ cấp cho protein fibrinogen của con người và gà. Tệp này chứa một căn chỉnh duy nhất, vì vậy chúng ta có thể sử dụng hàm 7 để tải nó trong Biopython. Hãy giả sử rằng bạn đã tải xuống căn chỉnh này từ Sanger hoặc đã sao chép và dán văn bản ở trên, và lưu nó dưới dạng tệp gọi là 0 trên máy tính của bạn. Sau đó, trong Python:
Điều đó sẽ cho:
Đầu ra căn chỉnhNhư trong Bio.Seqio, có một hàm đầu ra duy nhất 1. Điều này có ba đối số: một số sắp xếp, một tay cầm tệp để ghi và định dạng để sử dụng.Bạn có thể sử dụng hàm 2 để biến căn chỉnh thành một chuỗi chứa căn chỉnh trong định dạng tệp đã chỉ định, ví dụ:
Hoặc sử dụng chuỗi F:
Vui lòng tham khảo Chương Bio.Alignio trong hướng dẫn để biết thêm chi tiết. Chuyển đổi định dạng tệpGiả sử bạn có một tệp chứa (các) căn chỉnh phylip mà bạn muốn chuyển đổi thành định dạng PFAM/Stockholm:
Bằng cách thay đổi chuỗi định dạng, mã đó có thể được sử dụng để chuyển đổi giữa bất kỳ định dạng tệp được hỗ trợ nào. Làm cách nào để sắp xếp hai chuỗi Python?Vì vậy, mục tiêu của bạn là thực hiện hai chuỗi và tìm sự liên kết với điểm số tối đa ... Nếu có khoảng cách, thì điểm -= 1 .. Nếu không, nếu các phần tử giống nhau, thì điểm += 1 .. Nếu không, nếu các yếu tố khác nhau, thì điểm -= 1 .. Làm thế nào để bạn thực hiện nhiều chuỗi liên tục?Tạo một căn chỉnh nhiều chuỗi.. Liệt kê các tính năng quan tâm và chọn chúng .. Gọi công cụ căn chỉnh nhiều chuỗi .. Chọn nucleotide hoặc axit amin .. Xử lý kết quả .. Công cụ nào là tốt nhất cho căn chỉnh nhiều chuỗi?Opal.Mô tả: Một công cụ để căn chỉnh nhiều chuỗi (MSA) bằng cách sử dụng "chiến lược hình thành và màu sắc."Các tác giả tuyên bố opal là chính xác hơn cơ bắp và tương tự như cơ bắp trên sự liên kết trình tự protein và có độ chính xác tương tự như MAFFT và cơ bắp trên sự sắp xếp trình tự DNA.. Description : A tool for multiple sequence alignment (MSA) using "form-and-polish strategy." The Authors claim OPAL to be more accurate than Muscle and similar to Muscle on protein sequence alignment and have similar accuracy as MAFFT and Muscle on DNA sequence alignments.
Thuật toán nào được sử dụng để căn chỉnh nhiều chuỗi?Thuật toán Kalign tuân theo một chiến lược tương tự với phương pháp tiến bộ tiêu chuẩn để căn chỉnh trình tự [21].Khoảng cách theo cặp được tính toán, một cây hướng dẫn được xây dựng và các chuỗi/cấu hình được căn chỉnh theo thứ tự được đưa ra bởi cây. follows a strategy analogous to the standard progressive method for sequence alignment [21]. Pairwise distances are calculated, a guide tree is constructed and sequences/profiles are aligned in the order given by the tree. |